Vào mùa thu năm 93 TCN, Antiochos X xuất binh đánh thành Antiochia.[11] Antiochos XI thua trận, trên đường tẩu thoát thì chết đuối trên sông Orontes.[63] Các nguồn tài liệu cổ đều đưa ra những dữ liệu khác nhau về trận chiến cuối cùng này. Theo sử gia thế kỷ I Iosephus thì Antiochos XI đã đơn độc chiến đấu, còn theo Eusebius thì Antiochos XI còn được cả em trai Philippos I trợ chiến. Eusebius không đề cập đến việc Antiochos XI đã từng chiếm được Antiochia trong một thời gian, ông chỉ nói rằng trận chiến cuối cùng diễn ra ngay sau khi Mopsuestia bị phá hủy – một tuyên bố mâu thuẫn với các bằng chứng thu thập được thông qua những đồng tiền đã được khai quật. Theo quan điểm của Bellinger, hai anh em đã hội quân cùng nhau, nhưng vì chỉ có Antiochos XI chết, nên nhiều khả năng là Philippos I ở lại trong thành còn Antiochos XI xuất binh ra khỏi thành nghênh chiến Antiochos X.[29]

Không có thông tin gì liên quan đến đời sống hôn nhân hay con cái của Antiochos XI.[64] Theo sử gia thế kỷ I Plutarch, tướng La Mã thế kỷ I TCN Lucullus có đề cập đến vua Armenia Tigranes II rằng ông này "đã đồ sát hậu nhân của Seleukos và [mang theo] thê tử và con gái của họ bỏ vào lao ngục" sau khi chinh phục Syria vào năm 83 TCN. Những tài liệu cổ liên quan đến thời hậu kỳ nhà Seleukos đều khá rời rạc và không đề cập đến nhiều chi tiết. Vì vậy mà tuyên bố của Lucullus cho phép chúng ta không loại trừ khả năng về sự tồn tại của vợ hoặc con gái của Antiochos XI và họ đã bị vua Armenia bắt đi.[65] Sau khi dành thắng lợi, Antiochos X đã tái chiếm được kinh đô và cai trị nó cho đến khi chết.[66]